就在圆满解决邮局大盗案件的第二天，11月7日，警视厅发生了一件大事。
一波刚平，一波又起。
这一天，阿笠博士带着参与了邮局大盗案件的孩子们来到警视厅，作为证人做笔录。
佐藤美和子警官带着孩子们做完笔录后，和高木警官会合，却一起目睹了又一场爆炸——
白鸟警官在告诉高木爆炸案的始末经过后，在开车准备离开时，他的车爆炸了。
虽然白鸟任三郎很快做出了反应，但还是慢了一步，遭受了重创，因为急性硬膜下血肿而被送到了医院抢救。
而他被送到医院前最后留下的东西，则是一张纸，一张和三年前爆炸案事前收到的预告传真一样的纸。
三年前，警视厅也收到了歹徒的传真，上面的内容是关于下次爆炸将要发生地点的暗号。
而一心为好友萩原研二报仇的松田阵平守在警视厅搜查一课，第一时间便破解了暗号，赶往暗号指向的摩天轮。
当他登上摩天轮，并且即将要熟练地拆除掉炸弹的时候，炸弹上的液晶屏却突然出现了一行字。
勇敢的警察，我要称赞你的勇气，赞美你……在这个炸弹爆炸的前3秒钟，我会显示一个提示，告诉你另外一个更巨大的烟火的位置，祝你奋斗不懈……】
也正是因为这样，松田阵平停下了已经完成一大半的炸弹拆除，守到即将爆炸的最后一刻然后被炸死，只为了将消息传递出去，保护无辜的民众。
这件事也成为了佐藤美和子心中永远的遗憾。
而这次贴在白鸟警官车内的纸上，则写明了“比赛开始的信号是在明天正午时分，结束是下午3点。”
整个警视厅都被调度了起来，以应对这一名丧心病狂的炸弹歹徒。
而在整整一夜的搜寻排查后，警方仍旧一无所获。
就在距离爆炸时间越来越接近的紧要关头，载着少年侦探团一行的高木涉受到了神秘柯学力量的指引，发现暗号中“登上染血的投手丘”指的就是东京塔。
等到他带着孩子们赶到东京铁塔的时候，便发现东京塔的电梯已经发生了一次轻微爆炸，现在无法运行。
当高木将这个状况报告给佐藤警官后，三年之前的惨剧再次浮上佐藤美和子的脑海，她用命令的语气让高木在原地待命，等待她的到来。
因为她再也不想看到有身边的人离她而去了。
在看到高木乔装的模样时，她之所以那么激动，是因为她从眼前的高木身上看到了自己父亲和松田阵平的影子，还有一个隐隐约约的死神正要收割高木的生命。
可高木在这时，却正好听到围观的人们正在讨论说，有一个小孩子被困在了电梯里面。
高木回想起由美对他说过的“你千万不能让美和子遭遇到任何危险”，这位被灰原哀称为“滥好人”的警察终于下定了决心。
他决定不听佐藤美和子原地待命的指令，自己一人先前往发生爆炸的电梯处，查看情况。
而柯南自然也跟在他的后面，并嘱咐灰原看好车和步美光彦元太三人。
结果，两人刚刚把困在电梯里的小女孩救出，藏在暗处、一直关注着现场状况的歹徒便听着新闻播报的情况，按下了手中的起爆装置。
于是，和三年前松田阵平被困在半空中的摩天轮里一样，柯南和高木两人如今被困在了东京塔的电梯中。
而与那时一样的，除了被困之外，还有着一个近在咫尺的炸弹。
这是一个连同整个东京铁塔都会炸个粉碎的大型炸弹，因为刚才的爆炸产生的震动，启动装置的水银杆已经开始了运作。
一个小时四十分钟后，炸弹就会爆炸。
危急之中，由于稍微一点小震动就会引爆炸弹，而且炸弹旁还放置着歹徒安装的窃听器，柯南提出，要让他来拆除这一枚炸弹。
时间一分一秒过去，爆裂物处理小组的人员也已经到达了电梯处，用绳子吊着用于拆除炸弹的装置，放到了站在电梯顶上的柯南手中。
由于这枚炸弹的结构和前几次的几乎没有差异，在警方专业人员的指示下，柯南很顺利地进行着炸弹的拆除。
但是当时间还有五十多分钟的时候，一行小字在屏幕上出现，映入柯南眼中，使得他当即脸色大变。
那是和三年前一样的、恶魔低语一般的字眼。
勇敢的警察……】
“高木警官，我有事情要跟你商量一下……”
……
灰原哀坐在副驾驶的位置上，身旁开车的是临时被叫过来的千叶警官。
而后座上的光彦和元太一脸愤怒地抓住千叶警官的衣服向后扯，希望他能往回开。
步美眼含泪水，回头望着东京塔的方向。
如今炸弹爆炸时间只剩下四分钟，高木警官和柯南还是没有从东京塔里出来。
听高木警官说过三年前事件的她已经大概猜到，今天仿佛就是三年前那一天的复刻一般。
那个对警方怀有强烈恨意的歹徒，当然不可能放过这么好的机会。
她透过车窗看到佐藤警官几分钟前与被困在电梯里的高木通话时的神情时
