倭寇特务机关长，地方各盟、市、政厅也均有倭寇籍次长或倭寇参与官，倭寇对该政权的控制极其严密。
它的统治包括原察哈尔省、绥远省的部分地区以及晋西省的部分地区，大致涵盖了内蒙古自治区的中部以及冀北省、晋西省的部分地区，下辖张家口市及万全、宣化、怀安、怀来、龙关、赤城、延庆、蔚、涿鹿、阳原等十县；晋北政厅改为“大同省”，下辖大同市及大同、怀仁、阳高、天镇、浑源、广灵、灵邱、朔平（右玉）、山阴、应、朔、左云、平鲁等十三县。
伪蒙疆联合自治政府完全受倭寇侵略者的控制和操纵，是倭寇对华夏内蒙古地区进行殖民统治的工具，在政治、经济、军事等各个方面都服务于倭寇的侵略战略。
